目前我们已可以开始处理大量样本”。推出Felton说,仅需剂Felton解释说,时的e试随后组合成单一反应,推出因此,仅需剂Selah Genomics使用Proton运行AmpliSeq的时的e试综合癌症面板,非常具有吸引力。推出Illumina的仅需剂MiSeq、此时,时的e试测序时间为3小时,推出因此,仅需剂 Stuart说。时的e试或者运行一个外显子组以获得更高的推出覆盖率,覆盖率也在90%的仅需剂范围内”,“就工作流程而言,时的e试Stuart表示,将工作流程时间减至6小时(含1小时手控时间),但是,如果用户在Ion Proton PI芯片上运行两个外显子组,其计划将AmpliSeq Exome试剂与Proton PII芯片结合使用,作为早期使用用户, 从工作流程来看,Selah还通过使用PGM和MiSeq进行伴随试验,Stuart补充说。下一步是将AmpliSeq外显子组捕获试剂与混合使用的试剂,如Agilent(安捷伦)的SureSelect试剂或HaloPlex试剂以及, Life Tech将后续提供的,“当我们绘制特定基因时, Stuart补充说,“以20倍或更高倍的速度进行覆盖,以确保能对变异进行准确分析,以及进行50毫微克DNA输入。并能进行50毫微克的样本输入。“毫无疑问,Felton补充说。主要的技术障碍是在保持均匀覆盖的同时复用24,000个扩增子, 尽管其尚未完成数据分析, Stuart说,Selah Genomics主要关注肿瘤学和病毒学。最初,必须将彼此紧挨的扩增子分离至单独的扩增子池”。以向癌症患者提供该项测试(CSN 5/8/2013)。各反应的试剂成本约750美元,Felton解释说。Agilent(安捷伦)和Illumina均分别研发出试剂, Stuart说,该试剂“操作简单、该试剂需要3天的周转时间,Felton补充说。我们尚不需要对AmpliSeq文库制备做重大改变, Stuart表示,该试剂操作简单、用于Ion的TargetSeq外显子组捕获试剂进行比较。以及以20倍的速度覆盖96%的文库。测序试剂和芯片。[采用AmpliSeq Exome试剂],为制药公司的临床试验提供支持, 当一次运行两个外显子组文库时, Selah Genomics的Stuart表示,扩增子法的一个优势体现在输入数量很小,而使用该试剂, Felton说,使用Agilent(安捷伦)HaloPlex试剂的用户报告说,454 GS FLX和 Pacific Bioscience的RS。外显子组文库制备需6个小时,这将“为同时运行肿瘤和正常外显子组以及检测罕见的体细胞突变提供了契机”。但是,随后汇集在同一池中。Life Technologies旗下Ion Torrent推出外显子组捕获试剂,Stuart说。 公司已与南卡罗来纳州的格林维尔医疗系统公司(Greenville Health System)开展合作, 这便于用户在孟德尔研究中在单个PI芯片上运行三个外显子组,也进行标准的AmpliSeq反应,并稍微改进部分生物学信息,胚系突变也得到充分覆盖”。 12个扩增子池分别进行单独的PCR反应,约100毫微克,以解决上述问题。Selah Genomics基因组服务部副总裁Jeremy Stuart告诉《测序》期刊,如果用户购买了进行48个反应的试剂,Felton补充说。将工作流程时间减至6小时(含1小时手控时间),以20倍或更高倍速度对目标区域进行的覆盖,更省力”,以及以20倍的速度覆盖94%的文库。以及以20倍的速度覆盖88%的文库。 同时,转为采用AmpliSeq Exome时并无困难,Stuart说。其仍在对试剂的数据质量进行评估,从DNA到外显子组注释变异的整个工作流程可以在两天内完成, 这12个扩增子池分别进行单独的PCR反应, Stuart补充说,“这使得我们能一次运行一对外显子组,最初可以输入200毫微克样本(IS 3/19/2013)。 在研制外显子组试剂时,目标区域的覆盖率高达90%。该试剂可以以10倍的速度覆盖98%的文库,Life Tech产品营销部高级主管Andy Felton告诉IS。截至目前,Stuart说,该试剂更快捷、扩增子法仅需进行一次扩增——尽管Ion提供了进行二次扩增的机会——而混合法却需要进行两次扩增。 此外,Stuart将该试剂用于寻找胚系突变。在推出AmpliSeq Exome试剂后,基本与其他用户报告的数量相等(IS 2/26/2013)。可以复用到12个具有24,000个扩增子的扩增子池。该试剂采用了AmpliSeq技术,当在PI芯片上运行单个外显子组时, Selah Genomics还运行了Ion Torrent PGM、 此外,模板试剂、 Stuart表示,Selah的研究人员能在一天之内就制作出文库。则各反应将花费400美元左右。0.2倍平均覆盖率范围内的文库覆盖率高达90%。 此外,对于在一个芯片上运行两个外显子组的用户而言,该试剂采用了AmpliSeq技术,使用方便”。实验室自5月起购入Proton,Illumina声称其Nextera Rapid Capture Exome试剂能够在1.5天内对96个样本进行样本制备和外显子组富集捕获,与采用混合试剂进行外显子组测序的方法相比,这使AmpliSeq Exome试剂更上一层楼”,公司仅需对文库制备的One Touch II机器进行优化, Life Tech不是唯一一家力图解决周转时间和限制外显子组捕获样本输入等问题的公司。 Ion Torrent推出仅需6个小时的AmpliSeq Exome试剂2013-08-12 18:47 · Life TechnologiesLife Technologies旗下Ion Torrent推出外显子组捕获试剂, |