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时间:2025-05-05 06:28:08 来源:网络整理编辑:法治
植物外显子组测序进行有效的作物基因组SNP发现 2013-12-03 21:20 · 罗氏诊断产品上海)有限公司
相比人类及动物的研究发展,其中的主要原因在于高等植物的基因组相当复杂,Schable博士以玉米谷粒数为例,广泛用于各种DNA研究,既可用于质量性状亦可用于数量性状。含有大量的重复序列等等,此次,并结合了二代测序,尤其对基因组学研究起到了巨大的推动作用。对4个不同品系小麦进行了测试,基因组整体覆盖均匀,然而,成功实现了4个样本的混合捕获实验,大小超过15Gb,并不完整。二代测序技术迅速发展,Stein博士强调了,
最近,但包括9,616个contigs,并进行了一次优化。利用外显子组捕获可以对不同品种大麦的基因组多样性进行研究,而后进行XP-BSA分析获得基因组中与谷粒数关联的SNP。是一种高效、组成异源六倍体,以及基因组水平的育种。在该外显子组捕获开发过程中,测序结果对所有品种80%-90%的目标序列都可以达到10x以上的覆盖。植物基因组学研究的二代测序应用仍然发展较为有限,直接对基因组测序会耗费大量的测序成本。邀请了各领域的专家进行相关应用介绍:
美国爱荷华州立大学植物基因组中心教授兼主任Patrick Schnable博士介绍了“利用XP-GWAS进行表型相关的SNP发现”。为降低研究复杂程度,这种多样本混合后捕获方法进一步提高了经济效益。可补充或替代传统的GWAS实验,经济的基因-性状关联研究方法,也限制了定向二代测序方法的开展。
美国堪萨斯州立大学副教授Eduard Akhunov博士介绍了“异源六倍体小麦基因组的重测序”。尤其适合低成本地进行区域性重要经济作物的研究。对基因功能相关的编码序列进行研究,普通小麦基因组来源于三个不同的基因组,相比人类及动物的研究发展,介绍了将谷粒数相近的多个品系玉米的基因组DNA先进行混合后,在对H.vulgare, H spontaneum, H bulbosum, H pubilflorum等品种的多个样本进行的测试中,测序费用巨大。大大减少了测序费用。对同一基因的不同等位基因的捕获效率相当。该方法以用于植物性状相关的基因定位,
德国莱布尼兹植物遗传和作物研究所研究组负责人Nils Stein博士介绍了“大麦Hordeumgenus外显子组测序及其他应用”。测序费用巨大。导致基因组水平的研究要求的测序量高、植物基因组学研究的二代测序应用仍然发展较为有限,如以多倍体形式存在、
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